Fernando Colunga siempre ha querido mantener su vida privada en secreto por lo cual se sabe muy poco de su vida amorosa.
Lo que si confeso son los noviazgos que ha tenido con Thalia durante las grabaciones de "Maria la del barrio" en 1996 y con Aracely Arambula despues de las grabaciones de "Abrazame muy fuerte" en 2001. La cantante Yuri confeso en una entrevista que tuvo un romance con Fernando en principio de los '90 - cosa que el nunca desmintio pero tampoco confirmo.
Se rumoraba tambien que Fernando era novio de Nora Salinas (en 1997), Adela Noriega (2003) y Lupita Jones (2006). En 2011 fue captado por paparazzi en un aeropuerto, esperando a Natalia Fernandez Varela Carral, su socia y brazo derecho en su compañia de bienes raices en Estados Unidos. En las fotos paparazzi no se vio ninguna muestra de cariño ni un beso de amor entre ambos pero se pudo ver que entraron juntos a la mansion de Fernando. La revista "Tv y Novelas" publico, junto con las fotos, un articulo donde aseguraron que Fernando y Natalia llevan tres años de pareja.
Actualmente se rumora que Fernando es novio de la actriz Blanca Soto, su pareja de la telenovela "Porque el amor manda" y que viven juntos en Miami. Sin embargo, no existen pruebas de que este chisme sea verdad.
Muchos aseguran que Fernando es gay y que todos sus supuestos noviazgos con las actrices de Televisa eran trucos publicitarios para ocultar su preferencia sexual. En 1997 se dijo que mantuvo un romance con el fallecido actor Noe Murayama y es asi como consiguio el protagonico de la telenovela "Esmeralda". Tambien se decia en 2008 que andaba con el joven modelo Jess Alexander y que los pillaron en un antro haciendo cochinadas.
Que creen que sea verdad?